1. 在無菌的0.5ml或0.2ml離心管中按下列操作程序加樣：
反應物 加樣順序 體積(μl) 終濃度
去離子水 1 29.4
10×Buffer B 2 5 1×
4×dNTP混合物 3 5 各200μmol/L
MgCl2 4 3 1.5mmol/L
有義引物 5 2.6 0.25μmol/L
反義引物 6 2.6 0.25μmol/L
模板 7 2 0.1μg
TaqDNA聚合酶 8 0.4 1unit
2. 用微量可調加樣器和一次性Tip向每一管中加50μl礦物油。每加一管換一次Tip。
3. 振蕩每只管，然后短暫離心。
4. 將管放到預熱的熱循環中，按下列程序開始循環：
預變性 94℃ 4分鐘 1次
變性 94℃ 1分鐘
退火 37-65℃ 1分鐘
延伸 72℃ 1分鐘
循環30次
終延伸 72℃ 7分鐘 1次
保存 4℃
5. 將PCR產物進行瓊脂糖凝膠電泳，分析結果。電泳條件：60-80V,15-20分鐘。
6. 紫外分析儀檢查電泳結果。
四、討論
1.假陰性，不出現擴增條帶
PCR反應的關鍵環節有①模板核酸的制備，②引物的質量與特異性，③酶的質量，④PCR循環條件。尋找原因亦應針對上述環節進行分析研究。
模板：①模板中含有Taq酶抑制劑，②在提取制備模板時丟失過多，或吸入酚。③模板核酸變性不底。在酶和引物質量好時，不出現擴增帶，有可能是模板核酸提取過程出了毛病，可使用陽性對照的DNA模板配合檢查模板質量。
酶失活：需更換新酶，或新舊兩種酶同時使用，以分析是否因酶的活性喪失或不夠而導致假陰性。
引物：引物質量、引物的濃度、兩條引物的濃度是否對稱，是PCR失敗或擴增條帶不理想、容易彌散的常見原因。有些批號的引物合成質量有問題，兩條引物一條濃度高，一條濃度低，造成低效率的不對稱擴增，對策為：①選定一個好的引物合成單位。
②引物的濃度不僅要看OD值，更要注重引物原液做瓊脂糖凝膠電泳，一定要有引物條帶出現，而且兩引物帶的亮度應大體一致，如一條引物有條帶，一條引物無條帶，此時做PCR有可能失敗，應和引物合成單位協商解決。如一條引物亮度高，一條亮度低，在稀釋引物時要平衡其濃度。
③引物應高濃度小量分裝保存，防止多次凍融或長期放冰箱冷藏，導致引物變質降解失效。
④引物設計不合理，如引物長度不夠，引物之間形成二聚體等。
Mg2+濃度：Mg2+離子濃度對PCR擴增效率影響很大，濃度過高可降低PCR擴增的特異性，濃度過低則影響PCR擴增產量甚至使PCR擴增失敗而不出擴增條帶。
反應體積的改變：通常進行PCR擴增采用的體積為20ul、30ul、50ul、或100ul，應用多大體積進行PCR擴增，是根據科研和臨床檢測不同目的而設定，在做小體積如20ul
后，再做大體積時，一定要模索條件，否則容易失敗。
物理原因：變性對PCR擴增來說相當重要，如變性溫度低，變性時間短，極有可能出現假陰性;退火溫度過低，可致非特異性擴增而降低特異性擴增效率，退火溫度過高影響引物與模板的結合而降低PCR擴增效率。有時還有必要用標準的溫度計，檢測一下
擴增儀或水溶鍋內的變性、退火和延伸溫度，這也是PCR失敗的原因之一。
靶序列變異：如靶序列發生突變或缺失，影響引物與模板特異性結合，或因靶序列某段缺失使引物與模板失去互補序列，其PCR擴增是不會成功的。
2.假陽性
出現的PCR擴增條帶與目的靶序列條帶一致，有時其條帶更整齊，亮度更高。
引物設計不合適：選擇的擴增序列與非目的擴增序列有同源性，因而在進行PCR擴增
時，擴增出的PCR產物為非目的性的序列。靶序列太短或引物太短，容易出現假陽性。需重新設計引物。
靶序列或擴增產物的交叉污染：這種污染有兩種原因：一是整個基因組或大片段的交叉污染，導致假陽性。這種假陽性可用以下方法解決：
①操作時應小心輕柔，防止將靶序列吸入加樣槍內或濺出離心管外。
②除酶及不能耐高溫的物質外，所有試劑或器材均應高壓消毒。所用離心管及樣進槍頭等均應一次性使用。
③必要時，在加標本前，反應管和試劑用紫外線照射，以破壞存在的核酸。二是空氣中的小片段核酸污染，這些小片段比靶序列短，但有一定的同源性。可互相拼接，與引物互補后，可擴增出PCR產物，而導致假陽性的產生，可用巢式PCR方法來減輕或消除。
3.出現非特異性擴增帶
PCR擴增后出現的條帶與預計的大小不一致，或大或小，或者同時出現特異性擴增帶與非特異性擴增帶。非特異性條帶的出現，其原因：一是引物與靶序列不全互補、或引物聚合形成二聚體。二是Mg2+離子濃度過高、退火溫度過低，及PCR循環次數過多有關。其次是酶的質和量，往往一些來源的酶易出現非特異條帶而另一來源的酶則不出現，酶量過多有時也會出現非特異性擴增。其對策有：
①必要時重新設計引物。
②減低酶量或調換另一來源的酶。
③降低引物量，適當增加模板量，減少循環次數。
④適當提高退火溫度或采用二溫度點法(93℃變性，65℃左右退火與延伸)。
4.出現片狀拖帶或涂抹帶
PCR擴增有時出現涂抹帶或片狀帶或地毯樣帶。其原因往往由于酶量過多或酶的質量
差，dNTP濃度過高，Mg2+濃度過高，退火溫度過低，循環次數過多引起。其對策有：
①減少酶量，或調換另一來源的酶。
②減少dNTP的濃度。
③適當降低Mg2+濃度。
④增加模板量，減少循環次數。
